本质没有区别，只是叫法不一样而已。

总体来说，独立设置的医学院校，规模比较大、实力比较强的才能从医学院改名为医科大学。不过，也有例外，北京协和医学院，这可是中国最强的医学院校，比任何一所医科大学都要强

按照高等教育法规定，大学和学院都应当具有较强的教学、科学研究力量，较高的教学、科学研究水平和相应规模，能够实施本科及本科以上教育。两者的区别在于，大学还必须设有3个以上国家规定的学科门类为主要学科。全日制在校学生计划规模在5000人以上。学院一般设有一个国家规定的学科门类为主要学科，全日制在校学生计划规模在3000人以上。由此可见，“大学”和“学院”虽然都属于高等学校，实施本科以上教育，都要具备一定的教学、科研能力，是同一学历层次和培养规格，但在设置学科门类的要求上还是不一样的。一般地说，“大学”更具有综合性，而“学院”往往专业性更强，但这并不意味着“大学”就一定优于“学院”，在一些专业学科上一些“学院”的教学能力和科研水平许多高于某些“大学”的同一专业。象麻省理工学院，只是个学院，档次很高。

医科大学与医学院的区别有：

1、实力不一样：医科大学，是比医学院整体实力更高的医学院校的命名，一般当一所医学院达到或超过医科大学的条件要求可以向当地教育厅和教育部申请升格为医科大学。

2、人数要求不一样：中国大陆境内的医科大学全日制在校生基本要求是规模在8000人以上，在校研究生数高于全日制在校生总数的5%。医学院则没有这个要求。

3、学科设计不一样：医科大学要求在人文学科（哲学、文学、历史学）、社会学科（经济学、法学、教育学）、理学、工学、农学、医学、管理学等学科门类中，拥有3个以上学科门类作为主要学科。医学院也没有这么具体的要求。

参考资料：

百度百科-医科大学

百度百科-医学院