加州大学圣地亚哥分校设有5个学术型研究学部（Division）和5个专业型研究学院（School），提供研究生学位教育和本科专业课程。

专业型研究学院包括：

1、雅各布斯工程学院（Jacobs School of Engineering）

2、雷迪管理学院（Rady School of Management）

3、全球政策与战略学院（School of Global Policy and Strategy）

4、斯卡格斯药剂学院（Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences）

5、医学院（School of Medicine）