分子设计不是一门独立的学科，也不是门独立的技术，其设计过程是：

1. 数据收集：数据可靠性是设计的关键地，只有确保数据的可靠，设计的结果才有意义。

2. 确定作用机理并找出有效官能团。

3. 参数提取与建模方法选择：参数可以从实验得来，也可以是从理论计算而来。理论计算参数的优点是没有人为的影响因素。

4. 模型建立：根据前面收集到的数据、参数建立数学模型，定样模型是分子设计的主要依据。

5. 检验建立的定量模型，确保模型可信性。

6. 设计新分子。

7. 合成及性能测试：通过一定方法合成所设计的分子，并检验新分子性能。并根据情况从1 - 6步进行多轮反复。