微生物实验室一般由准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等组成。

微生物实验室应设置独立的区域，与其它实验室分开。缓冲间及操作间内应设置紫外线杀菌灯装置，空气洁净级别不同的相邻房间之间的静压差应大于5Pa,洁净室与室外大气的静压不大于10Pa。室内的照明应灯应嵌装在天花板内，室内光照应分布均匀，光照度不低于300Lx。缓冲间和操作间所设置的紫外线杀菌灯应定期检查辐射强度，要求在操作面上达40uw/m2,不符合要求的紫外线杀菌灯应及时更换。人流需要通过准备间分别进入一更、二更、缓冲进入操作间。物流则由传递窗实现，传递窗为全不锈钢材质，机械连锁控制，内带灭菌装置。