南联邦大学的历史可以追溯到1915年—1917年坐落于罗斯托夫的华沙大学。

华沙大学是祗承俄罗斯沙皇亚历山大一世的皇命，于1817年在波兰建立的。第一次世界大战，华沙大学先是被沙皇俄国紧急疏散到莫斯科市，然后才在罗斯托夫市短暂安家。 1917年俄国临时政府改校名为顿河大学，等到俄罗斯联邦建立之后，学校更名为罗斯托夫国立大学。所以现在又叫罗斯托夫国立大学，根据2006年俄联邦颁布的政府令，罗斯托夫国立大学，塔甘罗格国立无线电大学。 罗斯托夫国立师范大学和罗斯托夫国立建筑艺术学院，四所俄罗斯南部的专项顶级学府合并成为南联邦大学，新的大学共有四个分校，分别是罗斯托夫国立大学，罗斯托夫国立师范大学，塔甘罗格国立无线电技术大学，罗斯托夫国立建筑设计及艺术学院。