现有18个教学院系，全日制在校本科生、研究生20300余人。

设有61个本科专业，建立了4个一级学科硕士授予点，30个二级学科硕士点，2个专业硕士专业授权类别（19个学科领域），4个博士人才培养方向。闽南师范大学是福建省重点建设大学，闽南师范大学积极发展非全日制研究生教育，适度发展继续教育和留学生教育。闽南师范大学统招研究生开设的专业主要就是教育硕士、工程硕士，每年10月在中国研究生招生信息网进行网上报名，12月参加全国统考，经过初试复试后方可入学。研究生招生条件是国家承认的大学本科毕业学历的人员、高职高专毕业学历后满2年或2年以上达到本科毕业生同等学力、已获硕士或博士学位的人员。