留学日本的中介费用因机构、服务内容和地区不同而有所差异。以下是一些大致的费用参考：

中介服务费：

一般在1万元人民币左右。

境外服务费：

通常在3万元人民币左右，包括签证办理、学校申请、住宿安排等服务。

文书服务费：

一般在2000到8000元人民币之间，取决于申请学校的排名和文书的复杂程度。

签证指导费：

大约需要2000元人民币。

其他费用：

可能包括联系导师费、学费定金和申请费等，具体金额依据学校和专业不同而有所变化。

综合来看，申请日本留学的总体费用可能会在4万元人民币左右。需要注意的是，这些费用仅供参考，具体费用应以各留学中介公司提供的正式报价为准。