日本留学中介的收费通常包括以下几个部分：

申请院校费用：

包括学费定金和申请费，通常在8000元到60000元人民币之间。

文书费用：

由留学中介代写文书，每所院校费用大约在2000元到8000元人民币，一般申请2-3所院校。

签证指导费用：

准备签证材料并进行培训，费用大约在1000元到3000元人民币。

其他费用：

可能包括体检费、公证费、保险费等，这些通常不包含在留学中介费中，需要学生自行缴纳。

总体来看，日本留学中介服务费大约在1万元人民币左右，加上其他费用，总费用可能达到3万元到4万元人民币。不过，具体费用会根据不同的中介机构、服务内容和地区有所差异。