办理日本留学护照的流程如下：

准备材料

2寸近期正面免冠彩色照片2张。

填写完整的《中国公民因私出国（境）申请表》。

居民身份证或户口簿原件及复印件。

若未满16周岁，需携带户口簿、监护人身份证原件、监护关系证明（如户口簿、出生证等），并由监护人陪同办理。

部队院校在读无军籍学员还须提交所在院校出具的无军籍证明及部队《因私事出国（境）人员审查批件》原件。

提交申请

向本人户口所在地市、县公安局出入境管理部门提出申请，并回答有关询问。

提交与出境事由相应的证明材料，如入学通知书、经济保证证明等。

填写申请表

在公安机关出入境管理机构填写《中国公民因私出国申请审批表》，复印相关证明材料，并进行照相。

审核与缴费

提交申请后，需等待审核，审核通过后需缴纳护照费用。

领取护照的凭证（回执）。

领取护照

缴费后，凭回执领取护照。

其他注意事项

提供的照片必须符合规格要求，且现场拍摄。

提交的申请材料必须真实有效，不得弄虚作假。

若申请人在居民身份证领取、换领、补领期间，可以提交临时居民身份证和户口簿及复印件。

建议提前了解并准备好所有必需的材料，以确保办理流程顺畅。