清朝召回留学生的主要原因可以归纳为以下几点：

慈禧太后担心留学生变质：

慈禧太后认为留学生剪掉辫子、换上西装是背弃国家，担心他们被美国文化影响，从而变质，可能为美国所用。

清政府政策管理失当：

清政府内部对于留学生的管理和政策存在争议，顽固派和洋务派对于留学生接受西方文化持不同态度，导致政策摇摆不定。

洋务派态度转变：

原本希望通过留学生学习西方科技来提升国力，但随着时间的推移，洋务派的态度发生转变，对留学生的期望和信任降低。

留学生学业未完成：

部分留学生因学业不合格或其他原因被清政府终止学业，被迫提前回国。

经济损失：

清政府认为留学生未能有效学习技术，反而浪费了钱财。

宗教影响：

部分留学生受到美国宗教影响，信奉基督教，这被清政府视为不可接受的行为。

文化冲突与适应问题：

留学生在美国生活，需要适应新的文化环境，包括剪辫子、换西装等，这在当时的中国社会和文化背景下可能被视为不敬。

这些原因综合导致了清朝召回留学生的事件。这一事件反映了当时清政府在科技、文化、宗教等方面的保守态度，以及对外来文化和思想的排斥