留学港澳的档案存放有以下几个选择：

户籍所在地人才中心：

将档案与户口一起放到当地的人才服务中心，便于回国后办理相关手续，并且可以开始计算工龄。

毕业院校：

部分学校可能提供档案保管服务，一般保留两年，之后若无接收单位，档案将打回原籍。

教育部留学服务中心：

教育部留学服务中心为海外留学生提供档案管理等服务，尤其适合户口在北京或在北京学校的学生。

选择存档方式时，应考虑个人方便性、安全性、工龄计算等因素，并提前与学校或相关部门确认具体细节。

以上是港澳留学档案存放在哪里。每个机构都有自己的优势和劣势，如费用、推荐理由、优势和劣势、声誉等。最后，学生应根据自己的情况选择最合适的留学机构。