留学日本的服务机构费用因机构、服务内容、地区等因素而异。以下是一些大致的费用构成和参考价格：

申请院校费用：

包括学费定金和申请费，通常在8000-50000元人民币之间，具体取决于申请的大学和项目。

文书费：

用于帮助撰写和修改申请材料，一般在2000-8000元人民币之间。

签证指导费：

指导学生准备签证材料和面试，费用大约在1000-3000元人民币。

其他费用：

可能包括翻译费、邮寄费、境外服务费等，这些费用可能在几千到几万元人民币不等。

总体来看，留学日本的中介服务费一般在1万元人民币左右，但加上其他费用后，总费用可能达到3万到4万元人民币。需要注意的是，这些费用并非固定，具体还需根据个人情况和选择的机构来确定。

建议在选择留学服务机构时，亲自咨询以获取最准确的报价和服务内容