自考本科毕业生去日本留学的方式主要有以下几种：

作为专科生申请研究生

自考本科毕业后，可以以专科生的身份申请日本的研究生课程。

申请日本语言学校

可以先申请日本的语言学校，提升日语水平，然后考取日本大学的本科课程或硕士课程。

直接考取日本大学硕士课程

如果自考本科毕业生拥有学位证，并且满足日本大学的入学要求，可以直接申请考取硕士课程。

插班大二或大三

在语言学校学习后，可以参加留学生考试或日语能力考试（至少N2级），然后插班到日本大学的大二或大三。

专升硕

对于持有自考本科和大专学历的学生，可以通过专升硕的途径申请日本的修士课程。

专升本

自考本科毕业生可以尝试申请日本的专升本课程，但这通常需要参加入学考试，并且竞争激烈。

需要注意的是，日本对于非全日制学历（如自考、成人教育）的承认程度因学校而异，一些学校可能要求完成12年以上正规教育，并持有日语水平测试2级或以上证书。此外，申请者需要准备充分的申请材料，如个人简历、学历证明、语言成绩证明、推荐信和研究计划书等。