日本留学申请过程中，通常需要准备以下公证文件：

毕业证书公证：

需要毕业证书扫描件和学生身份证正反面扫描件。

成绩单公证：

需要成绩单扫描件和学生身份证正反面扫描件。

户口本公证：

需要整本户口本扫描件和学生身份证正反面扫描件。

亲属关系公证：

如果经费支付人是父母或其他亲属，需要提供亲属关系公证书，证明学生和经费支付人的关系。所需材料通常包括个人身份证明、亲属身份证明、婚姻状况凭证和出生证明文件。

预毕业证明公证：

如果还未毕业，需要预毕业证明扫描件和学生身份证正反面扫描件。

其他可能需要的公证：

包括语言学习证明、经济担保人的在职证明和收入证明等。

请注意，根据日本入国管理局的具体要求，可能还会有其他特定的公证文件需要准备。建议在准备这些文件之前，先咨询具体的日本学校或入国管理局，了解详细的公证要求