慈禧太后下令召回所有留学生时， 最终回来的只有94人。具体原因包括：

1. 部分孩子抗拒召回，选择继续完成学业，如容揆和谭耀勋。

2. 部分孩子因未通过当地委员会的审核而提前回国。

3. 部分孩子因学习刻苦或压力过大早逝，例如潘铭钟，他在纽约州瑞萨莱尔理工学院就读时去世，年仅16岁。

4. 还有一部分孩子因为疾病、遭遇变故或其他原因死在了异国他乡，只有极少部分留在了美国。

因此，最终回国的留学生人数为94人。