1、增加库区地质灾害发生的频率及其影响兴建水库可能会诱发地震,增加库区及附近地区地震发生的频率.山区的水库由于两岸山体下部突然未来长期处于浸泡之中（以前没有水浸）,发生山体滑坡、塌方和泥石流的频率会有所增加.这种增加导致水库的安全性无法得到保证,而一旦水库出现安全事故,那么对下游的影响比没有水库要大很多倍,等于是把水蓄起来一下子冲到下游,对下游的损害将是巨大的.

2、造成库区泥沙淤积由于受水坝的拦截,受水势变缓和库尾地区回水影响,泥沙必然会在水库内尤其是大坝和库尾（回水的影响）淤积.库区泥沙淤积造成水库的实际库容不断减小,好处随年递减.并且直接导致对下游河道的影响.

4、库区及下游的水质恶化库区水面面积大,大量的水被蒸发,土壤盐碱化使土壤中的盐分及化学残留物增加,从而使地下水受到污染,提高了下游河水的含盐量.

5、下游水环境的改变及影响由于水质的恶化及水流流速的减慢,使水生植物及藻类到处蔓延,不仅蒸发掉大量河水,还堵塞河道灌渠等等.这些水生植物不仅遍布灌溉渠道,还侵入了主河道.它们阻碍着灌渠的有效运行,需要经常性地采用机械或化学方法清理.这样,又增加了灌溉系统的维护开支.

7、对疾病传播的影响由于水流静态化导致下游血吸虫病等流行病的发病率增加,库区也会更容易滋生蚊蝇及其他致病微生物.

8、移民问题和对库区风景、文物的影响由于水位上升使库区被淹没,需要进行移民（大问题）.并且由于兴建水库导致库区的风景名胜和文物古迹被淹没,需要进行搬迁、复原等.

9、对气候的影响库区蓄水后,水域面积扩大,水的蒸发量上升,因此会造成附近地区日夜温差缩小,改变库区的气候环境.