一、日本三年多次往返签证，三个月内没出行，是否会失效？

因为3年多次往返都是需要预定好机票酒店的，怎么会不去呢？这样跟你之前申请的有冲突，有可能下次入境会产生阻碍

二、之前和朋友一起办了日本签证，第一次办办的是有效期三个月的签证，如果这三个月之内我没去日本

应该是没什么影响的，办签证办下来后你想去不想去是你自己的决定，有很多因素可以导致可以去或不可以去的原因，我觉得领事馆是可以理解的。我只听说过前一次没办下来可能会对第二次办理有影响，办下来没去的还没听说过呀……

三、请问一下在办了日本签证三年签的头三个月内没有去日本，这个签证会怎么样？现在去日本给入境的吗？

可以的，不放心可以致电一下日本驻中国大使馆，说明下情况就可以的。现在日本签证不限制签证期间归国次数和时间了