商务入台证想要直飞的话得办理直飞手续的。首先得在公司所在地台办申请批件，拿到批件后再带身份证、户口本、台湾邀请公司简介、营业执照、行程表、保证书等资料到户籍所在地出入境办理台湾通行证+F或Y签注，拿到才可以直飞台湾的。否则只能从香港用护照+商务入台证进出台湾了。

亲身经历：从台北直飞成都搭乘国航班机，到桃园机场后，在国航柜台告知说因为“政治关系”，只持有入台证和护照不能从台湾直飞大陆，他们需要和成都的边检沟通，看能不能让我登机。

等了可能20分钟，柜台拿了张表过来，说对方边检没有正面回应，他们可以让我登机，但是需要签一个表，申明如果被大陆边检拒绝入境，后果自负。签了表之后，正常办理登机手续。

在桃园机场出境检查及之后的登机过程中都很顺利。抵达成都到达边检后，出示护照给边检，边检问从哪儿回来，告知台湾，边检问你只用护照吗，回答说我是从美国到的台湾，正准备进一步解释，边检又问那你是转机，下意识回答是。回答完发现好像这样回答不太对，但边检已经迅雷不及掩耳地在护照上盖入境章了，本想再解释下，但又想何必自找麻烦，所以接过护照就直接入关了。

亲身经历希望对后人有帮助。 对于日常在海外上学或工作的国人，无法在海外申请大通证。政治氛围如何不是普通民众决定得了的，但没有大通证就不让从台湾直飞回大陆的“规定”，的确是给普通民众造成困扰。