持有“在留资格认定书”的申请签证会不会被拒签，要根据你的实际情况来分析。

1、如果各种签证资料齐全，有足够的资金担保，且签证城市是日本的高通过率的城市，比如福冈，那么基本不会被拒签。2、如果资料不全，资金不足或没有，或者是去日本的低通过率的地区，比如东京，那么背拒签的可能性是很大的。在留资格认定书的定义： 办理留学赴日签证，首先在学校同意接收你之后，需要准备一整套完整的材料，递交到日本的入管局，申请“在留资格认定证明书”，俗称“反签证”。反签证通常由所报读的学校代为申请。在留资格认定证明书自签发之日起有效期为3个月。签证申请人须在该证明书有效期内在所属日本驻华使领馆申办签证，并入境日本，逾期自动作废。申请需要通过本馆所指定的代办机构办理。